Schau mal hier bspw:
https://www.youtube.com/watch?v=2yoxiKJ1KzY
(Wir haben am 7M allerdings keinen Crank Angle Sensor (an der Kurbelwelle), sondern "nur" einen Cam Position Sensor (Nockenwelle))
Im Prinzip musst du mit dem Offset Angle so lange rumspielen, bis es auch wirklich bei 0° zündet.
Was anderes machst du mit dem Drehen des CPS bei der Stock ECU eigentlich auch nicht, nur dass du da nicht die ECU anlernst, sondern die "Hardware" veränderst, bis es der ECU passt.
Bist du also in der Situation, dass du den CPS mal ausbauen musstest, sollte es daher auch möglich sein, in der Software den Ignition Lock auf 0° zu setzen, und dann mit der Lampe zu prüfen, ob der Funke bei 0° kommt und wenn nicht, den CPS zu verdrehen, bis es passt. Genauer wird dir das jemand sagen können, der sich mehr mit Standalone befasst.
In beiden Fällen geht es darum, ECU und Motor zu synchronisieren, damit das, was die ECU annimmt, auch der Realität entspricht.