NTFS ist ein bisschen wie der 2JZ-GTE, also halbwegs modern, robust und leistungsfähig. FAT(32) ist im Vergleich dazu mehr wie ein luftgekühlter Käfer-Motor, also einfachste Technik aus der Steinzeit
Der einzige Vorteil von FAT(32) ist, dass du nie Kompatibilitätsprobleme haben wirst, falls du mal von einem Nicht-Windows-PC/-Gerät an die Daten ranwillst. Bei NTFS ist das unter Umständen schon etwas heikler.
Aber wenn du nur Windows ab Win2000 aufwärts verwendest, hat NTFS eigentlich nur Vorteile. Es ist auf lange Sicht in den meisten Fällen performanter, außerdem ist die Gefahr eines Datenverlustes bei einem Absturz geringer.
Und einige fortgeschrittenere Funktionen wie z.B. das Einrichten von Zugriffsberechtigungen/-Beschränkungen oder transparenter Datenkompression oder -Verschlüsselung auf Dateisystemebene kannst du mit FAT32 auch nicht nutzen, darauf legst du aber vermutlich eh keinen Wert
