Wenn der Wasserverbrauch so niedrig ist, wird's wohl wirklich was anderes sein.
Das Blubbern und der leichte Wasserverlust (eigentlich sollte die Kiste ja garnix verbrauchen) könnten auch von einem porösen Wasserschlauch kommen, durch den in der Abkühlphase etwas Luft ins System gezogen wird.
Oder dein Kühlerdeckel ist nicht mehr der Fitteste.
Hast du denn wegen deinem Startproblem schon die Zündanlage durchgecheckt? Evtl. ist da einfach ein elektrischer Kontakt bei kaltem Motor nicht gut und repariert sich selbst, wenn der Block und Kopf mal ein paar Grad warm sind.
Bist du denn sicher, dass gerade ein Zylinder nicht mitläuft, oder könnte es auch allgemein unrunder Lauf auf allen Zylindern sein? Sonst hängt es vielleicht auch mit der Kaltstarteinspritzung zusammen, dass da nichts oder zu wenig eingespritzt wird.
Kann viele Ursachen haben, ist schwierig per Ferndiagnose...
Dein Elektrikproblem mit den Warnleuchten klingt für mich nach einem Masseproblem, da können sich die Elektro-Spezis vielleicht noch zu äußern...